A Primeira Turma do Superior Tribunal de Justiça (STJ) decidiu que os créditos obtidos por meio do programa Reintegra não devem ser considerados na base de cálculo do Imposto de Renda Pessoa Jurídica (IRPJ) e da Contribuição Social sobre o Lucro Líquido (CSLL), mesmo antes da Medida Provisória 651/2014 que os excluiu. A maioria dos ministros considerou que, assim como no caso dos créditos presumidos do IPI, a finalidade do Reintegra inviabiliza a inclusão desses créditos no cálculo dos tributos. Em um caso específico envolvendo uma empresa exportadora de alimentos, o pedido para excluir os créditos do Reintegra da base de cálculo tributária foi inicialmente negado, porém, no recurso ao STJ, a empresa argumentou que o benefício não representa lucro tributável, mas sim uma forma de desoneração fiscal. O ministro Napoleão Nunes Maia Filho destacou que a política de desoneração fiscal prepondera sobre a pretensão fiscal irrestrita, afirmando que a inclusão dos créditos do Reintegra na base de cálculo dos tributos esvaziaria essa política. A ministra Regina Helena Costa ressaltou que a exclusão dos créditos do Reintegra da base de cálculo dos tributos, promovida em 2014, reconheceu o indevido aumento da base de cálculo do IRPJ e da CSLL anteriormente à vigência da MP 651, exigindo previsão legal específica para legitimar tal inclusão.